自西元20XX年(⛲)，人类(lèi )从肯(kěn )(📒)亚图(🐌)尔卡(🔼)纳湖的湖畔挖出了(🔱)一(🕰)个名(🤴)叫索哈尔(Zohar)的(de )物(wù )体之(🐮)后，便(biàn )开始对它进行研究，后来有人(rén )重(🚤)建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以(🚉)启(🏐)动原始索(suǒ )哈尔(🎿)，进(jìn )行和上位领域的U-DO(上位领(🐖)域当中的红色波(📎)动存在)连结的连结实(shí )验，但(dàn )(❔)很(💱)不幸地，从(cóng )上位领域流入(📙)下位领域(🏂)的(de )(🙌)能量造成了事(👓)象变移，使地(dì )(⏰)球(游戏中(🤷)所(suǒ )谓的“失落耶(yē )路撒冷”)几乎完从从宇(🧟)宙中“消失”，人类因(🈁)而被迫逃亡(🏉)，离开(👊)地球。　　到(😊)了四千(qiān )年多后(hòu )(⛏)，在故(🥋)事开始(shǐ )前十五的T.C.4753年，米尔奇亚(yà )行(😙)星(xīng )(Miltia)爆发(fā )了(le )所谓的米尔奇亚冲突事件(🔙)，在(👄)此次事件(jiàn )当中，米(🌸)尔奇亚行星的(de )人类疑似(😳)遭到(🎦)了(📤)格诺西(xī )斯(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突事件后消失(💁)，但事件(jiàn )的(de )真相却因(yīn )为(🔍)米尔奇亚的(🐌)消失而不(👼)为人知。在事件(jiàn )后，启(qǐ )动原始(shǐ )索哈尔（(♊)后来人类(lèi )(🍉)制造出了(🌒)十二(🎆)具索哈尔模(mó )拟(🕌)体，因(😼)此(🔮)原有的索(suǒ )(🦐)哈(🏁)尔就(jiù )被(bèi )称之(🍗)为原(yuán )始索哈尔）所需的神之语言(yán )、原始索哈(🎇)尔的研究(🔂)成果、米(🌸)尔奇亚(yà )的U.M.N.座标(⏩)等(děng )事物，都被封(fēng )存在Y资料(liào )当(🤙)中(zhōng )，而(ér )Y资(🤫)料又被封存在百式观测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这(zhè )么做(zuò )却引起了各方(🔘)势(shì )力(🐊)对M.O.M.O.的(de )(💙)争夺，因此(🚄)星(xīng )团联邦政(🤯)府(游戏中统治各行星的(de )(💼)政府，英(yīng )文名Galaxy Federation)雇了(le )一(yī )(👌)个(gè )名叫Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件(jiàn )(🥩)结束后的十几年，也(yě )就(jiù )是大约(yuē )(🤥)在游戏EPI开始(shǐ )的时候，当时最大的企业贝(🔅)克(🛀)达(dá )公(😌)司以对抗格诺西斯侵扰的名义(⭕)，进行对格诺西斯(sī )(🦇)用战斗(dòu )兵器KOS-MOS的开发计(jì )划，但和(🀄)当时多使用合成(chéng )(🙂)人(Relian)与生化人(Cyborg)的(🚁)情况所不同(tóng )的(de )(⚾)是，KOS-MOS是(🐻)个纯粹(🧜)的机械制(🔰)品。另一方面，在EPI开(kāi )始(♑)时(shí )(🔋)，参与KOS-MOS开发计(🛴)划(huá )的(🧔)贝克达(dá )公(🏽)司第(dì )(🗝)一(yī )开发局研(yán )究人员卯(mǎo )月紫苑，正(zhèng )乘着当时载有(yǒu )还没正式启动(dòng )(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太(tài )(🍶)空船(chuán )进行旅(lǚ )途。但没想到(🏹)其太(tài )空船却被冲著索(✨)哈尔(ěr )(😙)而(👫)来的(de )格(gé )诺西斯(❎)所攻击，而KOS-MOS也在(🥚)此时突然启动(🖖)，卯月紫苑因而被(bèi )卷(juàn )(💝)入一连(lián )串(chuàn )和格诺(nuò )西(xī )斯及(jí )索哈尔有关的(☔)阴谋，以及(📣)会改(🌓)变人类命(mìng )运(🕕)的事件(🔣)当中(zhōng )……