1999年，某(mǒu )个(gè )东西(xī )被卡车运出了馆山市。几天(tiān )后，哥斯拉登陆(🆖)了(🥈)馆山，特生自卫队出动与(😧)之(🎾)展开(kāi )了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈(🎩)由美子 饰）(🕯)意外害死了战友叶山二(èr )尉(wèi )（森末慎(🎿)二(🎫) 饰(shì )），自(✖)己却侥幸(xìng )活了下来(lái )，并被派去(qù )了资料科(🌙)。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首(🗞)相（水(shuǐ )野久(🐑)美 饰）的指挥下，召(🙉)集了汤(tāng )原德(🈴)光（宅麻(má )伸 饰）等科(🕙)学(xué )家开(💠)始(shǐ )研究对付(fù )哥(🥕)斯拉(🐀)的G兵器。他(tā )们(🌮)以(👣)在馆山冲挖掘出(chū )来(🏉)的(de )初(chū )代(👊)哥斯拉骨(🐾)骼为基(🈸)础，用了(le )四(sì )年制(zhì )成(chéng )了机械(xiè )哥斯拉—(💹)—(📟)3式(shì )机龙。柘植首相辞职，由科学技术(shù )厅(🔤)长官(guān )五(📸)十岚隼人（中尾彬 饰(shì )）就(🚲)任(rèn )新首(🌂)相。同时(shí )，茜被派去了(le )(🚡)机(🌸)龙(📞)队，担任(rèn )机(jī )龙的操作员。
　　就在准(🧘)备机(🤼)龙(lóng )测(📬)试(shì )机动时(🎴)，哥斯拉又在东(dōng )京湾(🈺)出现了。机(jī )(🈳)龙赶(🔬)赴(fù )现场与(yǔ )哥斯拉(lā )对战(🖱)，却因哥斯(⛅)拉的(de )吼声唤醒了体内的野(🚓)兽灵(líng )魂(♊)，突然暴走(🗒)，在城(🌒)市中造成了(🍝)大(dà )破(🍈)坏。
　　为了改(gǎi )良机龙，汤(🤠)原(🐑)改(🖥)变了(le )机(👡)龙DNA计算(suàn )机的碱构(👅)造，使(🎆)机龙不(bú )会再(🍂)受哥(🌸)斯拉叫声的干扰。但由于(yú )对再(🤳)次暴走的担忧(yōu )，五十岚迟迟不(bú )允许出动机(😕)龙(lóng )。
　　(🆕)哥斯拉再度出现在东京(🌟)湾，一路无视(shì )特生自(zì )卫队的攻击来(lái )到(dào )了(🚞)品川，令城市(🛍)变成(chéng )了(le )一(yī )片(🐊)火海。面对(duì )如此情景，五十(📧)岚终(zhōng )于同意(🐎)让机龙出动。
　　为了(le )打(dǎ )败哥斯(🚰)拉，机龙(🏚)被(🈲)送到了品川。茜也抱着(zhe )(🍢)必死的觉悟。机(jī )龙(lóng )(✒)和茜的战斗就这(zhè )样(yàng )开始了。